南区水质净化厂二期(以下简称“南区厂”)由珠海市横琴粤澳深度合作区以BOT的形式授权珠海水务环境控股集团有限公司投资建设，厂区位于洪湾工业园洪兴八路6号。南区厂二期主要服务于横琴粤澳深度合作区，设计处理规模为4万吨/天，服务面积为33平方公里，服务人口约12万。工程占地面积约1.9万平方米，采用“粗格栅--曝气沉砂池--ZT廊道交替池--二级提升泵房--孔板格栅--磁混凝沉淀池--转盘滤池--UV消毒池"工艺，工程总投资约1.22亿元。

南区厂于2015年8月投产。为满足更高的水质要求，排水公司南区厂于2019年开始提标改造，提标工程于2021年1月完成环保验收，现出水水质执行国家《城镇污水处理厂污染物排放标准》规定的一级A标准及广东省地方标准《水污染排放限值》第二时段一级标准的较严值。